UgCS umożliwia wiele trybów lotu. Ręczny tryb lotu pozwala sterować dronem za pomocą pilota. Po utworzeniu planu lotu i przesłaniu go do autopilota można użyć automatycznego trybu lotu. W przypadku wielu dronów UgCS obsługuje również tryby lotu sterowane za pomocą Click & Go i joysticka.